Kasnije je imao vlastitu radijsku emisiju u kojoj je čitao priče i intervjuirao djecu, iako su te emisije završile kako je 1930-ih rastao antisemitizam. Dok je studirao pedijatriju, Korczak je odlučio odreći se vlastite obitelji kako bi svoj život posvetio radu s djecom.
Godine 1911. napustio je posao u medicini kako bi se zaposlio u židovskom sirotištu u Varšavi. On je, uz svoju kolegicu Stefaniu Wilczyńsku, isticao prava i dostojanstvo djece. Prema Svjetskom centru sjećanja na holokaust, sirotište je vođeno kao “dječja republika”. Jednostavno rečeno, odrasli koji su ih odgajali odnosili su se prema djeci s poštovanjem. U rujnu 1939. Nijemci su napali Poljsku. Iako je Korczak razmišljao o pridruživanju vojsci, na kraju je odlučio ostati u Varšavi kako bi se brinuo za svoju siročad.
Ostao uz siročad do samog kraja
Kada su Nijemci 1940. godine stvorili varšavski geto, sirotište je bilo prisiljeno useliti se unutra (preko Svjetskog centra sjećanja na holokaust). Prema Enciklopediji Holokausta, život u getu bio je užasan. Izgladnjivanje i bolesti bile su sve veće, što je dovelo do povećanja broja siročadi. Korczak i Wilczyńska borili su se da djeci osiguraju hranu i normalan život. Iako je postao slab, Korczak nije prestao osiguravati dobrobit djece. Nastavili su se obrazovati, pa čak i priređivati koncerte i kazališne predstave. Kako je stvarnost postajala mračnija, Korczak je dao izvesti predstavu o smrti djeteta kako bi ih pripremio za tu mogućnost.
Do srpnja 1942. Nijemci su započeli masovnu deportaciju Židova iz geta u logore smrti. Iako je Korczak više puta nuđen da bude prokrijumčaren, odbio je ostaviti djecu. Ubrzo nakon toga, Korczak, djeca i ostalo osoblje uklonjeni su iz sirotišta i poslani na mjesto deportacije zvano Umschlagplatz. Svih 200 njih ukrcalo se u vagone 5. kolovoza 1942. Prema židovskoj virtualnoj knjižnici, poslani su u Treblinku, logor smrti oko 60 milja udaljen od Varšave. Svi su poslani u plinsku komoru čim su stigli. Janusz Korczak umro je sa 200 djece u plinskoj komori, držali su ga za ruke do samog kraja. Bio je liječnik i vojnik, ali ponajviše pedagog. Cijeli svoj život posvetio je djeci. Nije ih napustio ni kada su došli najteži trenuci. S njima je otišao u smrt, iako su ga nacisti neposredno prije ulaska u vagone prepoznali i ponudili mu poštedu pod uvjetom da napusti djecu, što je on odbio. Njegov dnevnik, u kojem je pisao o životu u getu, objavljen je na engleskom jeziku 1978. godine.
Władysław Szpilman napisao je da su djeca bila odjevena u najbolju odjeću i da su bila radosna jer su bila uvjerena da idu na selo, a na čelu kolone bio je dječak koji je svirao violinu. Korczak je u naručju nosio dvoje najmlađih.
Njegova poznata izreka glasi: “Ako se jedno dijete smije, smije se cijeli svijet.”
