Samo dvadesetak godina poslije, mladi ali učeni Petar Kanizije neumornim zalaganjem, propovijedanjem, proučavanjem i pisanjem teoloških spisa našao se na braniku vjernosti Rimu i Papi. Mnoge je ljude očuvao uz Katoličku Crkvu zavrijedivši tako, nakon smrti 1597, časni naziv "drugoga apostola Njemačke" (uz sv. Bonifacija po kojem su germanska plemena postala kršćanska).
Da se sve tako zbilo, sv. Petar Kanizije najviše može zahvaliti dvojici ljudi koji su ga u prijelomnim životnim trenucima usmjerili na prave staze. Naime kad je imao petnaest, kao razmaženi sin gradonačelnika grada Nymegena (u današnjoj Nizozemskoj) bio je na najboljem putu da skrene u kojekakve nepodopštine i lakomisleno nesmisleni život. No, zahvaljujući susretima sa svećenikom Nikolom Eschom, koji mu postaje više od oca (što je svetac opisao u svojim ispovijestima), Petru su se pomalo "razbistrili" pogledi na svijet. Druga osoba koja je presudno utjecala na sv. Petra Kanizija bio je jedan od prvih Loyolinih učenika, isusovac Petar Faber. On je u Mainzu propovijedao o djelovanju svoje, tada nove družbe, a dvadesetogodišnji doktor filozofije Petar Kanizije toliko se oduševio isusovačkim dinamizmom da, umjesto u kartuzijance, stupa u Družbu Isusovu.
Tako 1543. postaje prvi Nijemac isusovac, već godinu poslije osniva u Kölnu prvi isusovački kolegij žrtvujući za nj svoju očinsku baštinu. Protestanti ga dočekuju "na nož", pokreću kampanju protiv njega, ali Kanizije – uz puno dostojanstvo prema protivnicima – uspijeva opstati i širiti svoje djelo. Niču kolegiji i sveučilišta za mlade kao najugroženije, Petar osniva Marijine kongregacije za pouku muževa i žena, putuje od grada do grada, savjetuje knezove i biskupe, piše "Katekizam", objavljuje djela starih crkvenih pisaca nalazeći u njima uporišta za vjernost Svetoj Stolici.
Bespogovorna poslušnost Crkvi za Petra Kanizija bila je zapravo poslušnost Kristu. No, to nije bila "slijepa poslušnost" u kojoj bi zaboravio da i u Crkvi postoji i ono ljudsko i ono božansko. Dobro je to znao lučiti, što potvrđuje i primjer kad se, znajući da će tako biti spašena katolička vjera, otvoreno zauzimao za svrgavanje kölnskoga nadbiskupa Hermana Wieda koji je bio sklon protestantizmu.
