1. Biskup Pavao Žanić
Njegov stav prema Gospinim ukazanjima kretao se od vatrenog prihvaćanja do vatrenog odbijanja. Takvi njegovi stavovi imali su veliki doprinos da se glas o Gospinu ukazanju proširio po svijetu.
U prva dva mjeseca Gospinih ukazanja biskup je bio pet puta u župi Međugorje. Poslije je dolazio samo zbog redovite podjele sv. potvrde vjernicima.
Javno je rekao: "Duboko sam uvjeren da nitko djecu, koja kažu da su vidjeli Gospu, da nitko tu djecu nije podgovorio. Da se radi o jednom djetetu, moglo bi se reći: Ma taj ima neku tvrdu glavu, pa ne može ni policija iz njega ništa izvući. šestoro nevine, jednostavne djece kroz pola sata bi, kad bi ih netko nagovorio, kazala sve. Nitko od svećenika, ja jamčim, nije imao tu nikakve namjere niti udjela da bi tu djecu na nešto nagovorio... Također sam uvjeren: Djeca ne lažu! Djeca govore točno ono što je u njihovim srcima... Sigurno je: Djeca ne lažu". (propovijed u Međugorju prigodom blagdana sv. Jakova, zaštitnika međugorske župe, 25. srpnja 1981.) U Glasu Koncila, hrvatskim nacionalnim katoličkim novinama, 16. kolovoza 1981., izjavljuje: "Sigurno je da djeca nisu ni od koga, posebno iz Crkve, podgovorena da govore neistinu."
U ovo vrijeme župnikom je u međugorskoj župi bio fra Jozo Zovko. Zajedno s njim u župi je radio fra Zrinko Čuvalo. Obojica su u početku bila žestoko protiv svega što se nazivalo ukazanjem i viđenjem Gospe. Biskup Pavao Žanić ih je pozivao biti odlučnijima i da prepoznaju Božje djelovanje na djelu. Oni su mu odvraćali da s tim ne treba žuriti, nego vidjeti kako će se sve to razvijati. Ipak, biskupov pozitivan stav djeluje tada ohrabrujuće i poticajno i na njih i na sve one koji iz bilo kojih razloga još nisu bili zauzeli pozitivan stav prema međugorskim ukazanjima.
Tadašnja jugoslavenska komunistička vlast nije bila blagonaklona prema svemu onome što se događalo u Međugorju. Proglasili su to kontrarevolucijom (4. srpnja 1981.). Tajna policija poziva tada biskupa Pavla Žanića u svoj glavni stan u Sarajevu na ispitivanje, kao i fra Jozu Zovku. No, događaji su išli svojim tijekom. Biskup Pavao Žanić sve manje i manje govori o Gospinim ukazanjima, a fra Jozo Zovko, kao župnik, počinje sve više vjerovati u nadnaravnost Gospinih ukazanja. Zbog takva njegova stava fra Jozo je uhapšen 17. kolovoza 1981. i malo potom osuđen na tri i pol godine strogog zatvora. S njim je zajedno zatvoren fra Ferdo Vlašić, a nešto poslije i fra Jozo Križić. Situacija je bila krajnje napeta. Bilo je opasno javno reći koju riječ u prilog Međugorju. Osjetili su to i neki mještani i hodočasnici završivši u zatvoru.
Nakon jednoga vremena šutnje, biskup Pavao Žanić se djelatno uključuje u osporavanje međugorskih događanja. Izdaje čak i dva spisa upravljena čitavom svijetu: 1. "La posizione attuale (non ufficiale) della curia vescovile di Mostar nei confronti degli eventi di Medjugorje" ("Današnji neslužbeni stav Biskupskog ordinarijata u Mostaru glede međugorskih događaja"), 30. listopada 1984.; 2. "Međugorje", 1990. Dopisom Vatikanskog državnog tajništva br. 150.458 od 1. travnja 1985. kardinal Casaroli zadužuje hrvatskog kard. Franju Kuharića da zbog javnog nastupa biskupa Žanića spisom "Posizione attuale...", koji je - kako navodi Casaroli - "imao značajan odjek u tisku", prenese biskupu Žaniću "da suspendira svaku osobnu izjavu prije nego budu prikupljeni svi elementi koji dopuštaju da se razjasne događaji i izrekne konačan sud". Nažalost, ova zamolba nije imala velikog odjeka kod biskupa.
a) Komisije za ispitivanje događaja u Međugorju
Biskup Pavao Žanić dugo nije smatrao da mu itko treba pomagati u ocjeni događaja u župi Međugorje. Tek na ponovljene molbe sa svih strana, u siječnju 1982. sastavio je Komisiju od četiri člana. Iako je ta Komisija na početku bila rekla da će zdušno prionuti poslu, to se nažalost nije dogodilo. Rijetko su se ili gotovo nikako pojavljivali u Međugorju. Tadašnja Biskupska konferencija Jugoslavije želi da se stvar uzme ozbiljnije u ruke. Savjetuje biskupu Žaniću da imenuje stručnu komisiju koja bi osvijetlila zbivanja u Međugorju. U veljači 1984. biskup Žanić proširuje Komisiju na 14 članova. Mnogi nisu bili zadovoljni jer su članovi Komisije uglavnom bili oni koji su se već prije izjasnili negativno o Gospinim ukazanjima. Prva sjednica te Komisije održana je 23. i 24. ožujka 1984. Po završetku zasjedanja objavila je izjavu za tisak u kojoj svoje rijetko sastajanje, između ostaloga, opravdava riječima da je Sveta stolica dala sugestiju biskupu da ne žuri s ispitivanjem i donošenjem suda.
Drugi put ista se komisija sastala u listopadu 1984. Ponovila je sličnu izjavu prvošnjoj.
Godine 1987. dolazi do velikog preokreta. Ispitivanje događanja u župi Međugorje pročelnik Kongregacije za nauk vjere, kardinal Joseph Ratzinger povjerio je Biskupskoj konferenciji Jugoslavije.
b) Izjava nekadašnje Biskupske Konferencije Jugoslavije
Nakon trogodišnjeg razmatranja nekadašnja Biskupska konferencija Jugoslavije objavila je 10. travnja 1991. izjavu u kojoj se između ostaloga kaže: "Na temelju dosadašnjeg istraživanja ne može se ustvrditi da se radi o nadnaravnim ukazanjima i objavama". Nije, dakle, rečeno da se ne ukazuje, nego samo da to još nije utvrđeno. Ovakve riječi bile su ustvari kompromis između stava biskupa Žanića i dobrih plodova koje donose međugorska događanja. Osjetivši veličinu međugorskih događanja, biskupi su odlučili posvetiti pozornost učenju o Blaženoj Djevici Mariji u župi Međugorje. Obvezali su se da će izdati posebne prikladne liturgijsko-pastoralne smjernice.
Biskupi su svečano u Međugorje došli 17. lipnja 1991. Dan prije toga u Mostaru su ustrojili komisiju za pastoralni život u župi Međugorje. Na čelu te komisije bio je dr. Franjo Komarica, biskup Banjalučke biskupije, a članovi su joj bili Vinko Puljić, nadbiskup Sarajevske nadbiskupije, Slobodan Štambuk, biskup Hvarske biskupije i Pavao Žanić, biskup Mostarsko-duvanjsko i Trebinjsko-mrkanjske biskupije u kojoj se nalazi Međugorje. Komisija je još brojila četvoricu savjetnika. Sva četvorica biskupa, zajedno s drugim svećenicima, slavila su svečanu večernju hodočasničku misu. Misno slavlje predvodio je biskup Pavao Žanić, a propovijedao je nadbiskup Vinko Puljić. Ovim činom potvrdili su Međugorje kao mjesto molitve, kao svetište u kojemu se ljudi približavaju Bogu.
Komisija za pastoralni život u župi Međugorje odlučila se ponovno sastati 26. lipnja 1991. Međutim, srpskim napadom na Sloveniju toga dana započeo je rat koji je udario zadnje čavle u lijes koji se zvao Jugoslavija. Raspadom države Jugoslavije, raspala se i Biskupska konferencija Jugoslavije.
2. Biskup dr. Ratko Perić
Pavla Žanića naslijedio je biskup dr. Ratko Perić koji je u vrijeme biskupovanja Pavla Žanića bio profesorom na sveučilištu Gregoriana u Rimu i rektor zavoda sv. Jeronima u Rimu. Mnogo je pomagao biskupu Pavlu Žaniću prilikom njegovih dolazaka u Rim.
Biskupom upraviteljem Mostarsko-duvanjske i Trebinjsko-mrkanjske biskupije postao je 1993. Nastavio je stopama svoga prethodnika glede Gospinih ukazanja u župi Međugorje. Ni on ne svraća u župu, osim kada to treba službeno učiniti zbog dodjele potvrde ili nekog drugog službenog razloga. Za neistinitost Gospinih ukazanja obično navodi "Izjavu" bivše Konferencije biskupa Jugoslavije. Tumači je tako da kaže da su biskupi tada jasno rekli da se Gospa ne ukazuje u Međugorju. Za javnost je svoj stav najcjelovitije iznio u svojoj knjizi "Prijestolje mudrosti" (Crkva na kamenu, Mostar 1995.). U poglavlju knjige pod naslovom "Kriteriji za prosuđivanje ukazanja" i podnaslovom "O međugorskim pojavama" (str. 266- 286) pokušava dokazati da Gospina ukazanja nisu istinita. U zaključku poglavlja to svoje stajalište sažimlje u 10 točaka.
Na blagdan Tijelova, 14.06.2001, Msgr Ratko Perić, biskup Mostarsko-duvanjske i upravitelj Trebinjsko-mrkanjske biskupije, podijelio je sakrament svete Potvrde sedamdeset i dvoje mladih župe Sv. Jakova u Međugorju.
U svojoj propovijedi ponovio je da ne vjeruje u nadnaravnost međugorskih ukazanja, ali je izrazio zadovoljstvo načinom na koji župnik upravlja ovom župom i istaknuo važnost jedinstva Katoličke Crkve koje se očituje kroz jedinstvo s biskupom i s Papom, kao i potrebu da svi vjernici ove biskupije, snagom Duha Svetoga koji im je dan, budu vjerni naučavanju i praksi Svete Rimske Katoličke Crkve.
Nakon svečane Svete Mise, Msgr Ratko Perić ostao je u prijateljskom razgovoru sa svećenicima u Župnom Uredu.
