Prvi kardinal iz reda đakona Jean-Louis Tauran oko 20.15 sati 13. ožujka 2013. pojavio se na svečanoj urešenoj loži vatikanske bazilike i nakon tradicijske objave na latinskom: "Habemus Papam!" (Imamo Papu!) obznanio da su kardinali elektori taj dan na konklavama izabrali za papu argentinskog kardinala Bergoglia koji je izabrao ime Franjo. Pojasnio je da je ime odabrao u čast svetog Franje Asiškog.
"Molimo uvijek za nas, jedan za drugoga, za cijeli svijet - da dobijemo veliko bratstvo. Želim da ovaj put Crkve bude plodonosan za evangelizaciju ovog prekrasnog grada", rekao je papa Franjo u prvom obraćanju vjernicima. Nakon što je zamolio vjernike da se pomole za Benedikta XVI., zamolio ih je i da zazovu Božji blagoslov i za njega. Nakon molitve svim je muškarcama i svim ženama dobre volje uputio svoj prvi Urbi et Orbi. "Braćo i sestre, hvala vam na ovakvom dočeku, molite se za mene i vidimo se sutra", poručio je papa Franjo te dodao kako se sada želi pomoliti Bogorodici.
Prvu misu svoga pontifikata papa Franjo slavio je 14. ožujka u Sikstinskoj kapeli zajedno s ostalih 114 kardinala koji su sudjelovali u konklavama. Posebna misa "pro Ecclesia" (za Crkvu) slavljena je na latinskom. Na misi se čitao tekst iz Matejeva Evanđelja (16, 13-19) koji govori o Petrovoj ispovijesti vjere: "Ti si Krist-Pomazanik, Sin Boga živoga". A Isus mu odgovara: "Blago tebi, Šimune, sine Jonin, jer ti to ne objavi tijelo i krv, nego Otac moj, koji je na nebesima. A ja tebi kažem: Ti si Petar-Stijena i na toj stijeni sagradit ću Crkvu svoju i vrata paklena neće je nadvladati. Tebi ću dati ključeve kraljevstva nebeskoga, pa što god svežeš na zemlji, bit će svezano na nebesima; a što god odriješiš na zemlji, bit će odriješeno na nebesima." Prvo čitanje bilo je iz Knjige proroka Izaije, a drugo iz Prve Petrove poslanice o živom kamenju koje izgrađuje Crkvu.
Dana 19. ožujka papa Franjo inauguriran je kao poglavar Vatikana i Katoličke crkve. Službu je preuzeo na blagdan svetog Josipa, zaštitnika Crkve. Uz mnogobrojne vjernike, na svečanosti su bila 132 državna izaslanstva te mnogi vjerski poglavari. Hrvatsku je predstavljao hrvatski predsjednik Ivo Josipović.
U propovijedi Papa je pozvao da se ne zaborave bližnji, posebice djeca, stariji i potrebiti, a onima koji su na položaju poručio je da zaštite ljude i okoliš u kojem živimo. "Treba živjeti u poštovanju, dobru, čuvanju prijateljstva. Budite čuvari, Božjih darova. Kada ne vodimo brigu o svemu što je stvoreno, srce se suši i počinje razaranje. Zbog toga bih želio zamoliti sve ljude koji imaju bilo kakvu odgovornost u politici i društvu, ekonomiji da budemo čuvari stvorenoga, Božjega plana, čuvari jedni drugih", poručio je papa Franjo.