Za njegova pontifikata je održan II. ekumenski sabor u Carigradu koji je riješio monoteletističku herezu te je proglasio dogmu o dvije volje u osobi Isusa Krista.
U poslanici caru Konstantinu IV. papa Agaton svjedoči o počecima kršćanstva među Slavenima, a na njihovim prostorima već je djelovalo nekoliko biskupa. Tako je Agaton prvi papa čije se djelovanje odnosi i na Hrvate i Hrvatsku.
